تتكفل المديرية الفرعية للمالية والمحاسبة بما ياتي :
-تحضير مشروع ميزانية الجامعة على اساس اقتراحات عمداء الكليات ومديري المعاهد والملحقات.
-متابعة تنفيذ ميزانية الجامعة.
-تحضير تفويض الاعتمادات الى عمداء الكليات ومديري المعاهد والملحقات وضمان مراقبة تنفيذها.
-متابعة تمويل انشطة البحث التي تضمنها المخابر والوحدات.
-تحسين محاسبة الجامعة. وتشمل المصالح الاتية:
*مصلحة الميزانية والمحاسبة.
* مصلحة تمويل انشطة البحث
*مصلحة مراقبة التسيير والصفقات.